Windowsとは勝手が違いなかなかうまくいきませんでしたが、試行錯誤しながら少し動作しましたので、記事にさせていただきます。
まずは、 modesdeco2 ダウンロードからです。
wget https://dl.dropboxusercontent.com/u/79709204/MD2/modesdeco2_rpi_20150106.tgz
早速実行してみましょう。
sudo ./modesdeco2 --gain 49.6 --freq-correction 68 --sbs10001 10001 --avrmlat 30002 --beast 30005 --rbs --msg 30003 --location 34.43:135.56 --web 8080